Huy hiệu Ấn Độ thuộc Bồ Đào NhaHuy hiệu Angola thuộc Bồ Đào NhaBia kỷ niệm Chiến dịch Vagô ở một nhà thờ tại Lisboa, là kế hoạch dùng một chiếc máy bay TAP phân phát tờ rơi tuyên truyền chống chế độ ở vài thành phố vào năm 1961. Dòng chữ ghi: "Hễ có độc tài thì cách mạng tất là quyền".Huy hiệu Guiné thuộc Bồ Đào NhaHuy hiệu Mozambique thuộc Bồ Đào NhaHuy hiệu Timor thuộc Bồ Đào Nha[56]

Năm 1947, Ấn Độ giành được độc lập, đánh dấu ngày tàn của Đế quốc Bồ Đào Nha ở Tiểu lục địa Ấn Độ. Năm 1954, người dân thuộc địa Dadra và Nagar Haveli được Ấn Độ giúp cướp chính quyền từ Bồ Đào Nha, sau gia nhập Ấn Độ.[57] Tháng 12 năm 1961, Bồ Đào Nha buộc phải rút khỏi các thuộc địa Goa, Daman và Diu sau khi Quân đội Ấn Độ buộc quân Bồ Đào Nha đóng ở thuộc địa phải đầu hàng. Chính quyền Bồ Đào Nha từ chối thừa nhận chủ quyền của Ấn Độ đối với lãnh thổ bị sáp nhập; chính thức thì các thuộc địa đó vẫn có đại biểu trong Quốc hội. Năm 1961, Cộng hòa Dahomey chiếm Pháo đài São João Baptista de Ajudá của Bồ Đào Nha. Thập niên 1960, các phong trào độc lập ở Angola, Mozambique và Guinea nổi lên đấu tranh vũ trang. Hoa Kỳ và Liên Xô đều ủng hộ độc lập để tiêu diệt các đế quốc cũ mà mở rộng thế lực của mình.

Đối với Bồ Đào Nha thì các thuộc địa là vấn đề quyền lợi quốc gia. Chính quyền bác bỏ chỉ trích phân biệt đối xử về chủng tộc ở các thuộc địa châu Phi, cho rằng người châu Phi sẽ được Tây hóa và đồng hóa. Chiến sự ở các thuộc địa không được người dân Bồ Đào Nha ủng hộ, lại đắt đỏ, cô lập Bồ Đào Nha trên trường quốc tế. Nhiều người ngờ chế độ không tồn tại được lâu. Tuy có ưu thế nhờ lính nhảy dù và đặc công, nhưng Bồ Đào Nha bị cấm vận vũ khí và những lệnh trừng phạt khác, quân du kích thì được nước ngoài giúp đỡ mà cơ động hơn, có thể gây tổn thất lớn cho quân Bồ Đào Nha. Tình hình thêm trầm trọng bởi Salazar lâm bệnh vào năm 1968. Marcelo Caetano, một trong những cố vấn quan trọng nhất của ông kế nhiệm, cố từ từ lập lại dân chủ, nhưng bất thành. Salazar qua đời vào năm 1970.

Năm 1973, mục sư Anh Adrian Hastings gây bão dư luận bằng bài viết phóng sự trong tờ báo The Times về Vụ thảm sát Wiriyam,[58] tiết lộ rằng quân đội Bồ Đào Nha giết hại 400 người ở làng Wiriyamu gần Tete, Mozambique vào tháng 12 năm 1972. Tờ báo in bài phóng sự một tuần trước khi Marcelo Caetano công du Anh để kỉ niệm tròn 600 năm ngày thành lập Liên minh Anh-Bồ Đào Nha. Sau khi bài phóng sự được xuất bản, Bồ Đào Nha ngày càng bị cô lập trên trường quốc tế. Sự việc thường được coi là một nhân tố gây cuộc Cách mạng Cẩm chướng.[59]

Chiến sự buộc Bồ Đào Nha phải chi nhiều ngân sách hơn cho chính quyền thuộc địa và quân đội. Trên trường quốc tế thì Bồ Đào Nha ngày càng bị cô lập. Trong nước thì chiến sự trở thành điểm chung cho các lực lượng chống chính quyền. Các nhà hoạt động đối lập trẻ như sinh viên cấp tiến và nhà hoạt động phản chiến buộc phải trốn ra nước ngoài để tránh bị bỏ tù hay bắt đi lính. Tuy nhiên, cũng có ba thế hệ sinh viên cực bảo thủ, quá khích dưới nền giáo dục Bồ Đào Nha, một phần chịu sự ảnh hưởng của tư tưởng tân phát xít ngầm ở châu Âu, kiên trì bảo vệ đế quốc của Bồ Đào Nha.[60]

Đầu thập niên 1970, chiến sự tiếp diễn, kinh phí không ngừng tăng. Tuy thương vong khá ít, chiến sự đã bước sang thập niên thứ hai. Quân đội Bồ Đào Nha không còn đủ quân lực. Không hề có giải pháp dàn xếp chấm dứt chiến tranh. Bồ Đào Nha bị cộng đồng quốc tế lên án, ngày càng trở nên cô lập. Hàng nghìn trai tráng ra nước ngoài để trốn quân dịch, phần lớn trốn tới Pháp và Hoa Kỳ.

Ngày càng nhiều người dân Bồ Đào Nha phản đối chính sách chiến tranh của chính quyền do kinh phí mỗi ngày một tăng. Nhiều người gốc Bồ Đào Nha ở các thuộc địa sẵn lòng chấp nhận độc lập nếu được bảo đảm các quyền lợi kinh tế. Bất kể các cuộc phục kích rải rác trên khắp miền nông thôn của quân du kích, nền kinh tế của Angola và Mozambique vẫn tăng trưởng mạnh: thành thị được mở rộng và phát đạt, hạ tầng giao thông vận tải được xây dựng để liên kết dải ven biển đô thị hóa cao với các khu vực xa xôi trong nội địa, số người gốc Bồ Đào Nha định cư tăng nhanh chóng (nhưng chỉ luôn là thiểu số ở các thuộc địa).[61]

Ngày 25 tháng 4 năm 1974, một nhóm sĩ quan cấp tiến gây binh biến lật đổ Nhà nước Mới. Caetano từ chức, bị tạm giam ở Madeira vài ngày trước khi lưu vong ở Brasil.[62] Nhóm sĩ quan thành lập Chính phủ Cứu quốc làm chính phủ lâm thời. Nguyên do[63] là một sắc luật quy định thành viên dân quân mà hoàn thành khóa huấn luyện ngắn và phục vụ ở các thuộc địa thì có thể được phong quân hàm cùng cấp như sinh viên tốt nghiệp trường quân đội. Chính quyền ra chính sách (bao gồm vài cải cách khác) để tăng quân số tham gia chống du kích ở các thuộc địa châu Phi, cùng lúc cắt giảm kinh phí quân sự để cân bằng ngân sách nhà nước bội chi.[64] Cấp đại úy phản đối chính sách mới, được sĩ quan tốt nghiệp các trường quân đội ủng hộ. Kết quả của cuộc Cách mạng Cẩm chướng là lập lại dân chủ ở Bồ Đào Nha, chấm dứt các cuộc chiến tranh thuộc địa. Đế quốc Bồ Đào Nha đã hoàn toàn sụp đổ vào cuối năm 1975.